Su fecha de nacimiento es incierta; murió el 22 de abril del 536.
Fue hijo de Gordianus, un sacerdote Romano que había sido liquidado durante los disturbios en los días del Papa Symmachus.
Su primer acto oficial fue quemar en presencia de la asamblea del clero, el anatema que Bonifacio II había pronunciado en contra de Dioscurus, su último rival, ordenando fuera preservado en los archivos Romanos.
El confirmó el decreto del concilio sostenido en Cartago, después de la liberación de África, de la yunta de Vándalo, según los convertidos del Arrianismo, fueron declarados inelegibles a las Santas Ordenes y aquellos ya ordenados, fueron admitidos meramente para dar la comunión.
Aceptó una apelación de Contumeliosus, Obispo de Riez, a quien un concilio en Marsella había condenado por inmoralidad, ordenando a San Caesarius de Aries otorgar al acusado un nuevo juicio ante los delegados papales. Mientras tanto, Belisarius, después de la sencilla conquista de Sicilia, se preparaba para una invasión de Italia.
El rey Gótico, Theodehad, como último recurso, mendigó al viejo pontífice proceder a Constantinopla y traer su influencia para lidiar con el Emperador Justiniano.
Para pagar los costos de la embajada, Agapito se vio obligado a prometer las naves sagradas de la Iglesia de Roma.
Se embarcó en pleno invierno con cinco obispos y un séquito imponente. En febrero del 536, apareció en la capital del Este y fue recibido con todos los honores que convienen a la cabeza de la Iglesia Católica.
Como él había previsto sin duda, el objeto aparente de su visita fue condenado al fracaso. Justiniano no podría ser desviado de su resolución para restablecer los derechos del Imperio en Italia. Pero desde el punto de vista eclesiástico, la visita del Papa a Constantinopla marcó un triunfo escasamente menos memorable que las campañas de Belisario.
El entonces ocupante de la Sede Bizantino era un cierto Anthimus, quien sin la autoridad de los cánones había dejado su sede episcopal en Trebizond, para unir el cripto-Monophysites que, en unión con la Emperatriz Teodora, intrigaban para socavar la autoridad del Concilio de Calcedonia.
Contra las protestas del ortodoxo, la Emperatriz finalmente sentó a Anthimus en la silla patriarcal.
No bien hubo llegado el Papa, la mayoría prominente del clero mostró cargos en contra del nuevo patriarca, como un intruso y un herético. Agapito le ordenó hacer una profesión escrita de la fe y volver a su sede abandonada; sobre su negativa, rechazó tener cualquier relación con él.
Esto enfadó al Emperador, que había sido engañado por su esposa en cuanto a la ortodoxia de su favorito, llegando al punto de amenazar al Papa con el destierro. Agapito contestó con el espíritu: "Con anhelo ansioso vengo a mirar hacia el Emperador Cristiano Justiniano. En su lugar encuentro a un Dioclesiano, cuyas amenazas, sin embargo, no me aterrorizan." Este atrevido idioma hizo que Justiniano tomara una pausa; siendo convencido finalmente de que Anthimus era poco sólido en la fe, no hizo ninguna objeción al Papa en ejercitar la plenitud de sus poderes a deponer y suspender al intruso, y, por primera vez en la historia de la Iglesia, consagrar personalmente a su sucesor legalmente elegido, Mennas.
Este memorable ejercicio de la prerrogativa papal no se olvidó pronto por los Orientales, que, junto con los Latinos, lo veneran como un santo.
Para purificarlo de cualquier sospecha de ayudar a la herejía, Justiniano entregó al Papa una confesión escrita de la fe, que el último aceptó con la juiciosa cláusula, "aunque no pudiera admitir en un laico el derecho de enseñar la religión, observaron con placer que el afán del Emperador estaba en perfecto acuerdo con las decisiones de los Padres".
Poco después Agapito cayó enfermo y murió, después de un glorioso reinado de diez meses. Sus restos fueron introducidos en un ataúd y dirigidos a Roma, siendo depositados en San Pedro.
Su memoria se mantiene el 20 de septiembre, el día de su deposición. Los griegos lo conmemoran el 22 abril, día de su muerte.
